Saison 1

Mystique voit une opportunité d'avoir un espion dans l'institut de Xavier quand le sombre Todd Tolanski commence à exhiber ses pouvoirs de mutant. Kurt Wagner, le dernier arrivant à l'institut Xavier essaye de se familiariser avec sa nouvelle vie parmi les X-Men.

Kitty Pryde âgée de 15 ans se lève un jour en ayant la faculté de passer à travers les objets. Elle essaye alors d'ignorer ces pouvoirs, ce qui est rendu difficile lorsqu'elle se fait approché par Jean Grey et un mutant fauteur de trouble, qui tout deux disent savoir ce qu'elle est en train de traverser et veulent l'aider. Pendant ce temps le vieil ennemi de Wolwerine, Dent-de-Sabre arrive en ville cherchant les problèmes.

Après avoir été gardé dans l'ombre au sujet des ces pouvoirs pendant des années, une jeune femme mutante touche un étudiant et absorbe sa force, sa mémoire et sa vie. Effrayée et confuse, et incapable de différencier sa mémoire de celle qu'elle a absorbée, elle court droit dans les bras de Mystique. 

La seule chose plus grosse que Fred Duke et sa force, est son tempérament, ce qui rend son premier jour à l'école plutôt difficile. Quand Jean Grey prend contact en essayant d'être amical, il prend la chose un peu trop au sérieux..

Le neveu d'Ororo commence à révélé des pouvoirs de mutants, mais il est plus intéressé par le règlement de sa rivalité avec son compagnon mutant plutôt que par sa possible intégration à l'institut Xavier.

Kurt à accidentellement trouvé un labo abandonné, et il est aspiré à l'intérieur d'une autre dimension par un étrange appareil qu'il à trouvé là.

Scott et Malicia sont mis ensemble lors d'une sortie du club de géologie. Scott essaie d'être amical avec elle mais c'est sans compter sur Mystique qui a un autre plan.

Comme devoir supplémentaire, Evan se voit offrir une caméra numérique pour enregistrer les évènement quotidien de sa vie. Bien que tous ne veulent pas se faire filmer, Dent-de-Sabre semble finalement le plus interressé.

Tandis que les X-Men sont à un camp d'été, s'entraînant à la survie, Mystique relâche Cain Marko, aussi nommé le Fléau, dans le but d'obtenir son aide afin d'acquérir Cerebro.

Les cauchemars de Malicia semblent révélés des souvenirs du passé de Kurt, mais il était trop jeune pour en avoir. Donc de qui viennent ils ?

Un flash news provenant de la montagne Canadienne réveil quelque chose en Wolwerine et il commence à avoir des phases de rage. Dans le but de trouvé pourquoi, il prend le vaisseau en direction du lieu, sans savoir que Kitty et Kurt sont présent à l'arrière.

De mystérieuse boule de métal apparaissent, enlevant les mutants un par un. Cerebro détecte un nouveau mutant à Hawaii, Alex Summers.

Magneto révèle ses plans aux gagnants de ses duels, débloquer pleinement les pouvoirs des mutants avec une machine qu'il a élaboré. Ceux laisser derrière se regroupent pour rendre une petite visite à Magnéto.