Saison 1

Alors que c'est le premier jour de vacances, Ben trouve une montre étrange, l'Omnitrix, qui lui permet de se transformer en de nombreux aliens avec des pouvoirs incroyables. Mais des forces négatives viennent sur Terre afin de récupérer cette montre et de semer la terreur.

Le Dr. Animo, un vétérinaire et aujourd'hui un fou, crée un appareil, nommé Le Transmodulateur, afin de transformer la ville de Washington DC en un village préhistorique. Grâce à elle, il peut transformer les animaux en une bête mutante.

Un homme appelé Jonah Melville vole les œufs du Krakken, ce qui rend le monstre fou furieux jusqu'à terroriser le lac.

Ben rend visite à sa grand-tante Véra dans un village n'abritant que des retraités, mais découvre que des aliens appelés Limax ont pris l'apparence de la plupart des résidents.

Vilgax envoie trois chasseurs de primes (Sixsix, Crabe et Tetrax) afin de récupérer l'Omnitrix. Mais cette mission est loin d'être facile.

Ben visite Sparksville, une ville pleine d'expositions étranges, et libère accidentellement un alien, Mégawatt, avec un sens de l'humour plutôt dangereux.

Après une dispute avec grand-père Max, Ben se promène dehors, vexé. Il se lie d'amitié avec un garçon abandonné nommé Kevin Levin, qui devient vite l'un de ses pires ennemies.

Rojo et sa bande blessent Max lors d'un combat. Cependant, elle se transforma en robot lorsqu'un des drones de Vilgax se colla à elle. Ainsi, elle travailla désormais pour Vilgax.

Quand Zombozo, un clown diabolique, enlève Gwen, Ben doit vaincre sa peur des clowns pour l'arrêter.

Lorsque Ben donne un porte-bonheur à Gwen, cette dernière décide de devenir une super-héroïne appelée "Mademoiselle Chance".

Ben, anormalement resté bloqué sous la forme d'un de ses aliens, Le Têtard Gris, se fait capturer par un homme nommé Howell Wayneright, qui le remet à l'Organisation des Chevaliers Éternels.

Ben attrape un rhume, ce qui a des conséquences à double tranchant sur ses aliens. Au même moment un homme pouvant contrôler les insectes, Clancy, s'attaque à Chinatown.

Ben rencontre celui qui deviendra son pire ennemi, Vilgax, qui a pour but de voler l'Omnitrix et de l'utiliser pour conquérir l'univers.