Saison 2

Harm fait équipe avec le major Sarah « Mac » MacKenzie et le lieutenant Roberts. Avec l'agent spécial Webb, ils enquêtent sur le vol de la Déclaration d'Indépendance. Elle a été volée par le colonel O'Hara, qui se révèle être l'oncle de Mac. Celui-ci a volé le précieux document pour rappeler à la population, et surtout aux responsables politiques, son sens et son esprit.

A l'infirmerie de Groton, dans le Connecticut, un prisonnier est victime d'un empoisonnement alimentaire. Dans la confusion qui s'ensuit, un autre détenu, Jason Magida, en profite pour assommer un garde. Il endosse ensuite son uniforme et prend la fuite. Chargés de l'enquête, le lieutenant Harmon Rabb et le major Sarah MacKenzie apprennent que Magida a provoqué volontairement une épidémie en infectant l'eau potable. Durant sa détention, Magida suivait des cours de biologie par correspondance...

Au cours d'une simulation de tir de missile, un F14 s'abîme dans l'océan. Le pilote, le lieutenant Tess McKee, n'a pas le temps de s'éjecter. Le lieutenant Peter Ayers en réchappe miraculeusement. Tess était une amie de Harmon Rabb, qui apprend sa disparition avec une grande émotion. Chargé de l'enquête, il interroge Ayers à l'infirmerie. Celui-ci raconte que lors de la simulation, Tess devait faire en sorte d'éviter les radars. Ayers a aperçu un flash et le moteur du F14 a explosé. Peter pense que l'appareil a été endommagé par un missile antiradar...

Cinq hommes de la marine, en mission secrète, sont chargés de transporter des explosifs au Pakistan, lorsque des terroristes débarquent, arme au poing, sur leur navire. Les officiers Vic Gorski et Mark Harridan tentent de s'en débarrasser, mais l'officier en chef Greg Connors abat Harridan à bout portant. Il est traduit devant la cour martiale pour meurtre avec préméditation. Le capitaine Harmon Rabb Jr est très étonné lorsque madame Harridan lui apprend que son fils et Connors étaient de bons amis...

Le lieutenant Marilyn Isaacs participe à une cérémonie rituelle à bord du «Seahawk», lors du passage de l'équateur, afin de devenir membre de l'Ancien Ordre des profondeurs...

Harm et Mac enquêtent sur la disparition du fils d'un officier en Irlande du Nord. Ils orientent leurs recherches vers l'IRA...

En faisant leur jogging, l'amiral Chegwidden et le juge Laura Delaney se retrouvent face à un mystérieux bouddha manchot en pierre...

Alors que Harm et Mac survolent le massif des Appalaches, ils sont témoins de l'assassinat d'un garde-chasse perpétré par un groupe de braconniers. A la suite d'une défaillance de leur appareil, ils sont obligés d'atterrir en catastrophe...

La princesse Alexandra participe à une manifestation dans les quartiers de l'OTAN, à Bruxelles. Quand son garde du corps est abattu, un ami roumain réussit à mettre la jeune femme en sécurité...

En Colombie, une équipe de JAG doit s'enfuir en laissant sur place l'un des siens, blessé, alors qu'il tentait d'arrêter un caïd de la drogue...

Lors d'une mission d'entraînement, le caporal-chef Bell perd son sang-froid. Un soldat se lance à sa poursuite et une détonation retentit...

Harm est chargé de plaider pour un SDF, Bauwer, impliqué dans l'attaque d'un magasin vidéo. Celui-ci est intervenu en faveur du caissier agressé par plusieurs skinheads. Mais l'intervention de Bauwer cache en réalité un lourd secret familial...

Le lieutenant Rabb est loin d'imaginer que son habituel footing matinal va se terminer à l'hôpital. Au même moment, Semadar Baruk, un émissaire du gouvernement d'Israël, subit une intervention dans ce même établissement. Soudain, un commando du Hamas investit les lieux...

Alors qu'un navire américain traverse une zone brumeuse, son équipage repère un bateau non identifié à moins d'un mille. Il s'agit d'un destroyer russe, le Vasiliev, qui refuse d'établir un contact radio avec son vis-à-vis. Les deux navires entrent alors en collision...

Il fait nuit sur la plage de Virginia. Robert Felker et Liz Holtz flirtent. La jeune femme se déshabille et se jette à l'eau. Tandis qu'elle se baigne, son amant, resté sur la plage, est assassiné. Le mari de Liz est aussitôt inculpé...