Saison 1 : La Menace des Serpents

Kai, Jay, Cole et Zane flânent alors que Sensei Wu leur a conseillé de s'entraîner pour être prêts le jour où Lord Garmadon reviendra sur Terre.

Cole, Kai et Jay se moquent de Zane et n'arrivent pas à comprendre qu'il soit différent. Zane suit un oiseau qui lui fait découvrir le QG de Lloyd.

Les parents de Jay lui rendent une visite surprise dans la nouvelle habitation des ninjas. Jay est agacé par leur présence et les force à s'en aller après avoir promis qu'il irait leur rendre visite.

Alors que les ninjas tentent d'élucider l'énigme de Sensei Wu, Lloyd leur tend un piège en envahissant le pensionnat duquel il avait été renvoyé dans sa jeunesse.

Lloyd s'installe et blague tout le Ninja, en faisant passer le costume de Zane en rose. Pendant ce temps, Pythor a réveillé les Venomari et les Constrictai et envisage de les unir sous lui. Ce faisant, il vole la flûte sacrée. Les Ninja vont déjouer le plan d'unité, mais sont presque capturés. Ce n'est que le costume rose de Zane qui leur permet de s'échapper alors que leur mission est complète.

Pythor trouve l'ancienne ville serpentine d'Ouroboros. Pendant ce temps, le ninja obtient des combinaisons ZX mais un Samurai X leur cause des ennuis. Plus tard, Pythor, à travers un tour diabolique, se déclare le Roi Serpent, le leader destiné à réveiller le Grand Dévoreur - une ancienne bête apparemment immortelle qui consumera tout Ninjago. Lloyd le voit, mais est découvert et fait prisonnier. Les Ninja, capturés par le Serpentine en essayant de sauver Lloyd, sont sauvés par Samurai X, un guerrier mystérieux qui se bat contre le Serpentine. Kai fait une découverte choquante à propos de sa sœur: Nya est le samouraï.

Lorsque les quatre Ninja suivent le mystérieux faucon dans les bois, ils tombent sur un atelier caché où Zane découvre le secret de son passé. c'est un nindroïde conçu pour "protéger ceux qui ne peuvent pas se protéger", comme l'a dit son père décédé. Cela a pour résultat que Zane libère son véritable potentiel.

Jay et Nya doivent écourter leur premier rendez-vous dans le parc d'attractions Mega-Monster, car les Serpentins arrivent à récupérer le premier des quatre lames Fang à utiliser pour réveiller le Grand Dévoreur. Mais Jay pique sa main sur le croc d'un Fangpyre squelettique, déclenchant une transformation. Pendant que Jay et Nya sortent ensemble pour un rendez-vous, les trois autres ninja tentent d’arrêter Pythor et la Serpentine. Pythor récupère le premier Fang Blade et Jay sauve Nya, qui révèle son identité Samauri X, de sa mort, libérant ainsi tout son potentiel.

Les quatre Ninja deviennent clandestins en tant que troupe de danse et participent à un concours de talents dans le but de gagner "The Blade Cup", dans laquelle l'une des Fang Blades est cachée, extraite de sa tombe par Clutch Powers. Au cours de cette visite, Cole rencontre son père, le chef d’une troupe de danseurs particulièrement célèbre, qui est plus autoritaire que Sensei Wu. À un moment donné, Cole envisage de voler la coupe, mais son père le réprimande et décide de le rendre fier en jouant et en remportant la coupe. Cole, sauvant son père lorsque Pythor effondre la scène en volant la coupe, trouve son vrai potentiel. Pendant ce temps, Garmadon est libéré sur Ninjago.

Les Ninja sont méfiants lorsque Lord Garmadon, amené par Sensei Wu du royaume des ténèbres où il s'est enfui, se rend à la recherche de son fils disparu - mais se rend compte qu'ils doivent travailler ensemble pour tenter de sauver Lloyd du Serpentine pendant qu'ils creusent pour la troisième lame Fang au coeur du Temple du Feu. Kai, après avoir été retenu par son ambition de devenir le Green Ninja, atteint son véritable potentiel et sauve Lloyd. Il est également révélé, bien que Kai le réalise lui-même, que Lloyd soit le Ninja vert destiné. Cela cause du chagrin à Wu et à Garmadon, car leur famille est maintenant divisée. En fin de compte, Kai semble inquiet et réalise à quel point il sera difficile à Lloyd de combattre son propre père à l'avenir.

À la suggestion de Lloyd de récupérer les trois Lames Fang alors que Pythor se prépare pour la quatrième, le Ninja et le Sensei Wu tentent de s'infiltrer dans le sanctuaire intérieur des Serpentines et de tomber dans un piège. Lorsque la mission de sauvetage de Lloyd ne se déroule pas comme prévu, une seule personne peut les aider, à savoir Lord Garmadon. Peu de temps après, Garamadon arrive avec l'armée des squelettes et s'engage dans une bataille contre Pythor et la Serpentine, permettant à Lloyd de libérer le Ninja et d'obtenir les Lames de crocs. Garmadon laisse Lloyd suivre son propre chemin et le Ninja détruit les Lames de Crocs, mais Pythor les suit en secret.

En arrivant au Mont Torchfire, où les Fangblades peuvent être détruits, Pythor se révèle et vole les lames en arrière, laissant le Ninja mourir. Les quatre, avec Wu, Nya (Samurai X) et Lloyd, se dépêchent d'aller dans la ville perdue d'Ouroboros pour tenter d'empêcher Pythor de réveiller le Grand Dévoreur, mais c'est une course contre la montre. Après une bataille sur une forteresse Serpentine Truck, dans laquelle Sensei Wu se coupe délibérément du Ninja, tous arrivent en ville. Enfin, Pythor réussit, mais Sensei Wu le suit et l'oblige à voir le pouvoir qu'il a libéré. Ils sont alors tous deux consumés par le Grand Dévoreur réveillé.

En cas de catastrophe, le Ninja doit se battre pour vaincre le Grand Dévoreur qui consume dans une tentative désespérée de sauver Ninjago. En fin de compte, seul le Seigneur Garmadon, utilisant les Quatre Armes Dorées, peut détruire le Dévoreur. Le serpent est détruit et il est démontré que Wu a survécu, mais Lord Garmadon disparaît avec les armes et Lloyd doit accepter le fait qu'il doit lui faire face un jour.