Saison 5

MacGyver, avec l'aide d'une archéologue, est à la recherche d'un ancien phénomène connu comme "la rose sacrée".

Poursuivant leur recherche de la rose sacrée, MacGyver et une archéologue font la découverte d'une société ancestrale.

Une réfugiée, à qui la Fondation Phoenix a procuré une nouvelle identité, a des voleurs de bijoux à ses trousses parce qu'elle est entrée en possession d'un plan indiquant où se trouve "la broche noire", un bijou célèbre qui avait disparu. MacGyver et le chasseur de primes Frank Colton joignent leurs efforts pour la retrouver avant les voleurs

Alors qu'il vient juste d'empêcher une tentative d'assassinat, MacGyver est pris pour le meurtrier

A Bangkok, MacGyver aide le chasseur de primes Jesse Colton à retrouver son fils illégitime. Ils sont à sa recherche car ils le soupçonnent de posséder des informations sur un vol de médicaments.

MacGyver se fait à nouveau voler ses meubles. Il pense tout de suite à Jack Dalton, comme cela est déjà arrivé. Mais cette fois-ci, c'est Murdoc qui sollicite l'aide de Mac pour sauver sa sœur des griffes de son ancienne organisation.

Une étudiante chinoise, qui a en sa possession une cassette compromettante, est poursuivie par des agents secrets du gouvernement chinois. MacGyver lui vient en aide.

En Afrique, MacGyver est témoin du massacre de rhinocéros. Il décide de s'engager dans la lutte contre le braconnage des espèces en voie d'extinction.

Un vieil homme juif affirme avoir été volé par les Nazis pendant la seconde Guerre Mondiale. MacGyver mène l'enquête mais il est pris en otage par un groupement néonazi.

MacGyver aide une amie persuadée que sa sœur jumelle veut la tuer.

MacGyver et les enfants accueillis à la Fondation Phoenix découvrent la véritable signification de Noël en faisant la connaissance d'une sans domicile fixe qui disparaît mystérieusement.

Exténué, MacGyver rêve qu'il est un vétéran de la Guerre d'indépendance et qu'il réclame une maison dans le Montana.

MacGyver essaie d'encourager un étudiant prometteur mais démotivé malgré les efforts négatifs de son professeur.

MacGyver aide un ami écologiste à découvrir ce qui est arrivé à une entreprise sur le point de dévoiler des malversations d'une concurrente.

 MacGyver et un ami partent à la recherche d'un fabuleux trésor Inca.

MacGyver et Jack Dalton aident leur vieille amie Jenny Larson à éclaircir le mystère planant autour de la mort de son père, apparemment décédé à la suite d'une chute de cheval.

Le tout dernier cri des détecteurs de sonars de sous marins de la fondation Phoenix est dérobée afin d'être revendu à un cartel de la drogue. MacGyver s'infiltre parmi eux pour déjouer leur plan.

La ballade dominicale de Macgyver est interrompue quand une Cadillac heurte son vélo. Sa conductrice, Lulu, le reconduit chez lui et l’entraîne dans une histoire abracadabrante concernant un violon de collection.

Macgyver est appelé à enquêter sur le kidnapping de sa jeune amie, Lisa Woodman. Il découvre que des ouvriers licenciés par le père de Lisa sont à l'origine de sa disparition, et qu'ils veulent plus que de l'argent.

Très peu satisfait par l'investigation menée à propos d'un meurtre, MacGyver choisit de mener l'enquête. Il découvre l'arme du crime et essaye de convaincre le jury de l'innocence du condamné.

MacGyver est témoin d'un vol dans un musée et est blessé dans la poursuite. A l’hôpital, sa vie ne tient qu'à un fil et les voleurs feront tout pour qu'il ne puisse pas les identifier.