Saison 1

Une explosion se déclenche dans un laboratoire sous-terrain de haute sécurité. MacGyver doit sauver les scientifiques restés bloqués à l'intérieur.

En mission dans la jungle de Birmanie, MacGyver doit retrouver un avion écrasé et récupérer un instrument militaire se trouvant à l'intérieur. Après avoir aidé un jeune enfant à échapper à la colère d'un garde, MacGyver est capturé et emmené dans un camp. Là, il découvre que la population est persécutée par une armée privée de mercenaires...

MacGyver fait équipe avec Jana, une jeune Tsigane pickpocket, qui a volé la montre d'un agent secret à Budapest. Sa famille est emprisonnée et ne sera libérée qu'en échange de la montre qui contient une listesecrète d'agents du KGB.

MacGyver est contacté pour retrouver une séduisante journaliste qui aurait disparu en Amérique du Sud. Celle-ci enquêtait sur un syndicat du crime, de mècheavec le gouvernement local.

Catlin a commis un vol de diamants d'un montant de 60 millions de dollars et s'est enfuit sur les Iles Vierges. MacGyver se lance à sa poursuite et doit s'attaquer à l'une des meilleures technologies au monde pour récupérer les joyaux enfermés dans un coffre-fort.

MacGyver se rend dans la jungle d'Amérique du Sud pour y rencontrer l'un de ses amis, le Dr. Charles Alden. Celui-ci lui fait part d'un danger qui menace la jungle et ses habitants. MacGyver découvre alors des milliards de fourmis prêtes à tout détruire sur leur passage.

MacGyver se trouve malencontreusement au milieu d'un groupe pris en otage par des voleurs. Il doit user de ses talents pour se sortir de la situation, mais aussi sauver les otages terrorisés par Buddy, le chef des terroristes.

MacGyver se rend dans le Wyoming pour y aider deux amis, Bill Farren et sa femme Laura, qui ont investi tout ce qu'ils avaient pour extraire du pétrole. Mais les résultats ne sont pas ceux espérés et une explosion risque de réduire à néant tous leurs efforts.

MacGyver doit protéger Franck Bennet qui est amené à témoigner contre son propre frère qui appartient à la pègre. Ce dernier va tout faire pour le tuer, y compris se servir de la maladie de leur mère pour attirer Franck et MacGyver dans un piège.

MacGyver se retire de la ville et se met à l'abri dans les montagnes afin d'échapper à des tueurs lancés à sa poursuite. Il en profite pour revoir son grand-père, perdu de vue depuis de nombreuses années. Mais les tueurs ont retrouvé sa trace...

MacGyver revient d'Allemagne de l'Est avec un petit étui, dans lequel est caché un microfilm contenant une liste de noms de terroristes. Il doit remettre cet objet à Pete. Intercepté en chemin, il se fait injecter un poison mortel. Pour avoir l'antidote, il devra révéler la cachette du microfilm...

MacGyver est contacté par l'agent Karen Blake, qui l'informe que sa vie est en danger. Elle l'emmène dans un manoir où il rencontre pour la deuxième fois l'agent Pete Thornton. Piégé, MacGyver devra user de tout son génie pour échapper à la technologie ultra-moderne dudangereux Quale.

Appelé au secours par une de ses anciennes petites amies, Amy Austin, MacGyver se rend dans la base nucléaire où elle travaille afin d'y élucider d'étranges décès. Sur place, il constate qu'il lui faut empêcher un réacteur nucléaire d'exploser et de contaminer tout ceux qui se trouvent aux alentours.

Un brillant malfrat a placé une bombe sur un bateau dans l'intention de récupérer plusieurs millions de dollars. MacGyver et son ami Charlie sont à la poursuite du bateau.

Pete demande à MacGyver de rechercher la “taupe" au sein de leur organisation qui élimine leurs agents les uns après les autres. Ayant besoin de vacances, MacGyver refuse la mission puis accepte lorsqu'il découvre que sa partenaire est une ravissante transfuge du nom de Viktoria.

MacGyver rencontre la splendide Penny Parker à l'aéroport. L'un de ses admirateurs, Stefan Frolov, vient de lui offrir de très beaux bijoux. Il les croyait faux mais son oncle lui apprend qu'ils sont authentiques et qu'ils sont un symbole de paix politique. Une chasse aux bijoux s'ensuit.

En mission en Afghanistan, MacGyver est blessé et aidé par un jeune garçon, Ahmed, qui le ramène chez lui. Après avoir découvert qu'Ahmed et sa mère sont terrorisés par leur beau-père et mari, MacGyver les emmène à la frontière afin d'échapper à ce tyran.

Kate Lafferty, une adolescente brillante en informatique, est enlevée par des agents ennemis qui souhaitent tirer profit de ses capacités. MacGyver doit la retrouver et stopper le lancement d'un missile sur une grande ville.

Dans une contrée isolée, les habitants d'une tribu, avides de vengeance, sont à la recherche des meurtriers du fils de leur chef. Prêts à tout, ils stoppent un train et prennent les passagers en otages avec, parmi eux, MacGyver...

Le frère de Sara Ashford est emprisonné à tort et MacGyver décide de l'aider. Il se fait emprisonner et, sur les lieux, s'aperçoit qu'il lui faut s'évader avec son protégé, mais avant tout survivre au milieu carcéral et à ses bourreaux.

Pete est amené à penser que son ami russe, Alexander Kharsov, est décédé. Lorsqu'il réalise qu'il est vivant et retenu dans un hôpital psychiatrique, il demande l'aide de MacGyver. Aidé de Mariah, la soeur d'Alexander, ils vont tenter de le sortir de là avant qu'il ne soit tué.

MacGyver est contacté par une jeune femme afin de retrouver un tueur professionnel nommé Piedra. Cet homme a accepté, pour sa prochaine mission, d'éliminer un archevêque par tous les moyens. Sa spécialité est de se déguiser pour se faire passer pour un autre.