Saison 1

Le major Gus Bonner dirige une équipe de jeunes cadets afin de stopper les Tlak'kahn qui ont volé une mystérieuse forme de vie dans le Stargate Command.

L'équipe reste sur une planète tropicale, séparée par Nephestis qui a convaincu que Gus était un traitre. Le aliens autochtones Thors meurent d'une maladie.

L'équipe arrive sur une planète avec une pierre « guide » mystérieuse qui est aussitôt menacée de disparaitre à cause d'un tremblement de terre. L'équipe aide les natifs, les Mou'a'dash, à la retrouver.

Gus et Ec'co se rendent sur la planète d'origine de la mère d'Ec'co pour en apprendre d'avantage au sujet des Tlak'kahn qui ont essayé de soumettre la planète depuis 20 années. Ec'co va de surprise en surprise lorsqu'il rentre à la maison.

Gus et les jeunes recrues font la connaissance d'un ancien responsable d'équipe SG dont le style sans contrainte a inspiré Gus lorsqu'il était un jeune officier.

Quand Gus et les jeunes recrues se retrouvent sur une planète quasiment recouverte d'eau, Harrison ne peut pas résister à se vanter de savoir nager.

À cause de sa phobie des araignées, Stacey agresse une créature qui y ressemble, mais cette espèce est intelligent et pacifique. Malheureusement, la victime s'affaiblit de minute en minute, et Stacey est jugée pour son action. Elle doit aussi surmonter sa peur des araignées car celles-ci sont devenues leurs alliées dans leur bataille contre les Tlak'kahn.

Des problèmes surgissent quand Seattle prend comme animal de compagnie un animal alien, qui finit par grandir la nuit jusqu'à atteindre un poids de 100 kg, qui plus est devenant bruyant, turbulent, bref une véritable plaie.

Quand l'équipe SG se retrouve sur une planète habité par des aliens pouvant changer d'apparence, seule leurs connaissances de chacun leur permet de distinguer les véritables membre de l'équipe des autres.

Les jeunes recrues étant parties chercher des diamants, Gus et Draga se retrouvent capturés par des chasseurs de primes aliens.

L'équipe Stargate fait la connaissance d'aliens qui utilisent la méditation, l’exercice et des pierres locales pour améliorer la maîtrise de leur art martial.

Séparé des autres et piégé sur une île paradisiaque, Harrison se retrouve dans le rôle de la voix de la raison lorsqu'il tente d'aider un jeune alien à résister à la pressions de ses pairs.

Ec'co apprends les dangers liés aux mensonges quand il tombe une inventrice particulièrement futée qui le trompe avec des mensonges dans le but d'acquérir leur technologie avancée.

L'équipe SG découvre un monde avancé technologiquement où la population est dépendante d'un simulateur de réalité virtuelle sophistiqué. Leur société est sur le point de se détruire par négligence.

Gus et l'équipe SG atterrissent dans un énorme musée alien dédié à l'histoire de la Terre — et se retrouvent en plein milieu d'une guerre entre un Napoléon et un César androïdes.

Draga se retrouve impliqué avec les créatures ailées Ostorok (une race de créature qui lui ressemble) Draga savoure de se retrouver parmi d'autres personnes comme elle.

Lorsque l'équipe SG se retrouve parmi les habitants d'une planète combattant les « envahisseurs » Tlak'kahn, ils se rallient aussitôt dans le combat contre les Tlak'kahn.

L'équipe se retrouve dans un monde très avancé technologiquement où la communication se fait de manière électronique et où les anciennes capacités de lire et écrire ont été totalement oubliées.

Après avoir volé un vaisseau spatial afin de retourner sur Terre, l'équipe SG se retrouve dans un monde incroyablement hostile à leur égard.

Gus et les jeunes recrues trouvent un vieil ami, le doctor Keri Mason, lors d'une réunion réunissant les plus grands cerveaux de la galaxie. Le Dr Bre-Sal, une neuroscientifique alien, a découvert le secret.

L'équipe SG émerge dans un monde alien dans lequel le statut des femmes se mesure à la possession d'une perruque dotée de plumes lumineuses très rares — à un tel point qu'elles sont prêtes à risquer leur vie.

Gus et l'équipe SG visitent la planète des Mardans, une civilisation alien qui s'est bâtie sur le modèle des Tlak'kahn. Tandis que l'équipe tente de les aider, une épidémie se répand.

La fierté d'Harrison quant à sa capacité « naturelle » de voler est mise à l'épreuve lorsqu'il se retrouve être le seul des jeunes recrues à ne pas pouvoir apprendre à monter des grands oiseaux de proie reptiles utilisés comme montures.

Lorsque l'équipe SG font la connaissance des Motai — des aliens vivant sur une planète aride. Seattle est déterminée à les aider à améliorer leur qualité de vie avec un grand projet d'irrigation.

Afin de montrer à Gus qu'il ne sait pas tout à son sujet, Stacey permet à des aliens de peindre de jolis motifs sur sa peau. Mais il ne s'agit pas d'une peinture ordinaire — c'est un microbe alien.

Après avoir traversé plusieurs planètes hostiles ou désertes, l'équipe complètement épuisée commence à se demander si cela vaut le coup de poursuivre leur mission auto-imposée.