Saison 1

Les Tortues Ninja en fuite, Leonardo est perdu sans personne à diriger : il doit arrêter Bishop et ses Méchazoïdes tout en sauvant ses frères.

Pour sauver ses frères, Mikey a besoin de l'aide de Rod, le stagiaire de Bishop. Mais Rod veut quelque chose en échange... être transformé en MUTANT ! Pour réussir, Mikey doit devenir... RESPONSABLE.

Pris entre les Méchazoïdes et le célèbre gang des Dragons Pourpres, la force de Raphaël ne lui servira à rien. Il va devoir se servir de son ingéniosité pour se sortir de ce mauvais pas.

Donnie rivalise d'ingéniosité dans le métro de New-York pour tenter d'échapper aux Méchazoïdes de Bishop. Mais comment contrer une IA qui anticipe tous vos mouvements ?

L'histoire de la femme appelée Bishop ! Pourquoi déteste-t-elle les mutants ? Quel est le secret des Méchazoïdes ? Et que s'est-il passé la nuit où les Tortues sont tombées dans le piège de Bishop ?

Les tortues vont affronter Bishop qui les attend de pied ferme en devenant Mécha-Bishop. Mais face à la révolte des Méchazoïdes, arriveront-elles à sauver l'humanité ?

Les Tortues et les Mutanimaux sont pris dans la tempête du siècle ! Mais lorsqu'un nouveau groupe de mutants marins menace la ville, Raph doit utiliser ses mots pour ... arranger les choses.

Mikey et Genghis sont envoyés pour faire des courses à l'épicerie du coin, quand ils font une rencontre très électrique avec Lee l'anguille ! Mikey va devoir prendre les rênes et devenir un vrai chef !

Le repaire risquant d'être inondé, April décide d'aller sauver Splinter... qui refuse de quitter les égouts ! Pour ne rien arranger, Goldfin, un mutant vient leur lancer un avertissement ...

Donnie et Wingnut sont envoyés dans les égouts pour rétablir le courant mais ils se retrouvent coincés à cause des Trois de l'East River. L'eau monte et ils ne sont pas seuls ... il y a un monstre avec eux !

Mustang Sally, l'hippocampe mutant va inonder la ville... et les seuls à pouvoir l'en empêcher sont Leo et Pete le pigeon. Être le chef, ce n'est pas de tout repos.

Le plan des Trois de l'East River va réussir ! Les Tortues et les Mutanimaux font tout pour les arrêter, mais des questions subsistent... à quoi sert la Perle et pourquoi Goldfin la désire tant ?