Saison 2

Dans un supermarché, les tortues achètent les ingrédients pour leurs pizzas quand des voyous braquent la caissière et la pillent...

Un vaisseau spatial s'écrase dans un lac, proche de l'espace d'entraînement des tortues. Celles-ci sauvent un extra-terrestre à la recherche d'un cristal. Caché dans les buissons, Shredder entend la conversation et parvient à s'emparer du cristal...

Shredder utilise la force pour récupérer le cristal. A partir d'une goutte de boue verte, il crée une plante monstrueuse dont les ramifications s'attaquent aux Tortues...

Grâce au cristal qu'il vient de retrouver, Shredder peut perfectionner l'ordinateur OMNUS qui lui donnera non seulement un pouvoir sans limite pour combattre les tortues, mais également la possibilité de contrôler toutes les machines de la ville...

Shredder s'empare de l'Oeil de Sarnoth, grâce auquel il transmute les objets qu'il envoie aux tortues. Ainsi, il anime un dragon dessiné dans un restaurant chinois. La bête capture les tortues et s'envole...

Shredder et Baxter Stockman échangent les boulettes de viande de certaines pizzas, utilisées comme prix dans un concours, avec d'étranges œufs d'extraterrestres de la Dimension X. Les Tortues doivent combattre les créatures qui éclosent des œufs afin de sauver la ville.

Au cours d'une malheureuse expérience de passage interdimensionnel, Baxter se retrouve transformé en mouche. Shredder, lui, décide de s'attaquer à April pour combattre les tortues...

Shredder organise sa propre armée composée de sept mutants mi-grenouilles mi-hommes, qu'il initie aux arts martiaux. Les grenouilles ne tardent pas à terroriser la ville...

Splinter est désespéré par sa condition d'homme-rat. Donatello propose à ses comparses d'avoir recours au mutagène, un produit chimique qui pourrait rendre à Splinter sa forme initiale...

Le maire de la ville crée de nouveaux robots, qui peuvent aider les policiers à capturer les voleurs. Shredder vole l'un de ces robots, afin de le dupliquer, puis de les lancer contre les tortues...

De jeunes Neutrinos, Kala, Zak et Dask, arrivent sur Terre et avertissent les tortues du plan fomenté par Shredder consistant à les transformer en zombies...

Shredder vient de mettre au point une nouvelle invention, le transporteur de matière. Grâce à cet engin, il envoie Bebop et Rocksteady chez les tortues...

Afin de ramener le Technodrome sur Terre, Shredder projette d'assiéger la centrale hydroélectrique des chutes du Niagara. Avec l'aide d'April, les tortues tentent de l'en empêcher...