Saison 1

Tandis que Starscream remet en question le commandement de Jetfire, Mégatron exhorte Optimus Prime à accepter un traité qui marquerait l'asservissement des Autobots. Les Autobots tentent de rallier à leur cause Bumblebee, un collecteur d'Energon indépendant.

Megatron reçoit un visiteur surprise  : Ultra Magnus, second d'Optimus, qui tente en vain de négocier une trêve. Shockwave révèle comment trouver le mythique AllSpark qui pourra aider à vaincre les Autobots. Conscients que ces derniers vont tenter de les prendre de vitesse, les Decepticons tendent un piège.

Optimus Prime a un plan  : évacuer Cybertron en utilisant un pont spatial désaffecté  ; mais il a besoin de l’aide de Ratchet. Ultra Magnus est torturé par les Decepticons tandis que Starscream continue de rallier les Seekers à sa cause.

Elita-1 confesse ses doutes sur le plan d'Optimus Prime, qui prévoit de réparer le Pont Spatial. Optimus fait appel aux Gardiens pour obtenir de l'aide, mais ces derniers refusent d'intervenir. Ultra Magnus se sacrifie pour protéger l'emplacement de l'Arche et Bumblebee est affecté par les conséquences de ce sacrifice.

Jetfire propose d'aider Optimus Prime à récupérer le AllSpark. Bumblebee, Cog et Arcee partent en mission pour trouver de l'Energon. Wheeljack essaie de préparer l'Arche au décollage.

Optimus Prime parvient à trouver le AllSpark. Megatron découvre le plan d'Optimus et ordonne une attaque massive contre les Autobots, qui reçoivent une aide inattendue d'Omega Supreme.